Markus Maggiori lernte bei Carol Wiesmann an der Scola Cantorum Basilensis das Spielen der Schalmei und die Faszination für Alte Musik brachte ihn dann auf die Sackpfeifen und Dudelsäcke. Nebst dem Master in erweiterter Musikpädagogik an der Zürcher Hochschule der Künste hat Markus Maggiori bei Jean Christoph Maillard am Musique Ancienne Conservatoire in Toulouse die Ausbildung in Barock Musette absolviert. Ausserdem besuchte er Workshops bei Francois Lazarevic und Jean Pierre van Hees.

Er spielte und spielt in verschiedenen Bands wie Doppelbock, Echo, Tritonus, Mirabilis und Varias Ensemble. Zudem hat er bei diversen Projekten zur klassischen Musik mitgewirkt. Mit dem Freiburger Barock Orchester unter der Leitung von Simon Rattle war er bei der Oper von Rameau (Hypolite et Aricide) dabei. Die Oper «Les Indes Galantes» im Staatstheater in Nürnberg, «Der Talisman» am Theater St. Gallen und Konzerte mit der Capella Antiqua im Nationalmuseum Nürnberg waren weitere Stationen.

Markus Maggiori gibt seit 2013 Kurse bei der Klangwelt Toggenburg. Sein Angebot hat sich von Rhythmuskursen zu Dudelsack-Kursen weiterentwickelt. Seit einigen Jahren finden die Kurse im Schloss Werdenberg in passender, mittelalterlicher Umgebung statt.